Urodził się w 1897 roku we wsi Osse w powiecie opoczyńskim. W 1915 r. wstąpił do Seminarium Duchownego w Sandomierzu, gdzie w 1919 r. otrzymał święcenia kapłańskie. Następnie rozpoczął studia na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Warszawskiego, które przerwał ze względu na wojnę polsko-bolszewicką, w której służył jako kapelan. Studia kontynuował w Warszawie i Rzymie. Wstąpił do zakonu kapucynów. W 1929 r. przeniósł się na Polesie, do diecezji pińskiej i został jej proboszczem. Był organizatorem i dyrektorem Akcji Katolickiej i „Caritasu”. Od 1932 studiował judaistykę na Uniwersytecie Warszawskim. W 1934 roku na Polesiu założył bractwo Nauki Chrześcijańskiej.
W czasie wojny ks. Jan Zieja został kapelanem 84. Pułku Strzelców Poleskich. Po kapitulacji i zwolnieniu przez Niemców, udał się do Lasek, gdzie włączył się aktywnie w działalność ruchu oporu. Współpracował z Frontem Odrodzenia Polski, był pracownikiem komórki „Credo”, brał udział w akcji ratowania Żydów współpracując z Radą Pomocy Żydom „Żegota”, został naczelnym kapelanem „Szarych Szeregów”, a później Komendy Głównej Armii Krajowej oraz Batalionów Chłopskich.
Po powstaniu warszawskim został ewakuowany do Pruszkowa, a następnie uciekł do Lasek, skąd przedostał się do Krakowa. Po wojnie, w czerwcu 1945 r. rozpoczął pracę duszpasterską w Słupsku, gdzie początkowo był jedynym księdzem katolickim, pod którego opieką kapłańską znajdowały się cztery kościoły w mieście oraz kilka następnych w powiecie. Z jego inicjatywy powstał w Słupsku Dom Matki i Dziecka oraz pierwszy w Polsce pomnik Powstańców Warszawskich. Wkrótce po ingresie Prymasa Stefana Wyszyńskiego przeniósł się do Warszawy, gdzie został proboszczem parafii św. Wawrzyńca, a od 1950 r. rektorem warszawskiego kościoła Wizytek. W 1956 r. został współtwórcą Klubu Inteligencji Katolickiej. W latach 1960-63 był profesorem w Seminarium Duchownym w Drohiczynie, zaś od 1963 r. aż do śmierci żył i pracował w domu Sióstr Urszulanek Szarych na warszawskim Powiślu, gdzie poświęcał się pisaniu i duszpasterstwu. Znalazł się wśród 14 sygnatariuszy założycielskiego apelu Komitetu Obrony Robotników w 1976 r. W późniejszych latach był sympatykiem „Solidarności”. Zmarł 19 października 1991 r. w warszawskim domu Urszulanek przy ulicy Wiślanej. Został pochowany na cmentarzu w Laskach
(Źródła: PAP, dr hab. Rafał Letocha, ks. dr Zbigniew Rostkowski, edycja: P.Nowak)
